Ingénieur e biologiste en analyses de données

Vous exercerez votre activité au sein de l’UMR CARRTEL et en étroite relation avec le service R&D EDF du LNHE et de l’UMR DECOD. Le CARRTEL, à Thonon-les-Bains (74), est un institut limnologique de premier plan qui réunit une large communauté de chercheurs, d’étudiants et de personnels de soutien (https://fr-carrtel.lyon-grenoble.hub.inrae.fr/unite). Il contribue à la compréhension de la manière dont les changements liés aux activités humaines et au climat affectent les ressources fondamentales et les fonctions écologiques des systèmes lacustres et de leurs bassins versants, ainsi que les conséquences sur les services écosystémiques. Votre mission consistera à améliorer les mesures automatiques des tailles de poissons et à développer des outils opérationnels à partir de données issues de caméras acoustiques. Les caméras acoustiques sont des outils non invasifs en plein développement dans le cadre d’études environnementales et de suivi des populations de poissons. Les très hautes fréquences utilisées et le grand nombre de faisceaux permettent d’obtenir des données acoustiques sous forme d’images dont la résolution est proche de celle d’une vidéo subaquatique, tout en étant très peu dépendant de la turbidité de l’eau. La morphologie et le comportement du poisson (type de nage) apportent des éléments qui participent à l’identification de son espèce. De nombreux développements ont permis d’automatiser en partie les analyses à l’aide d’outils prometteurs, génériques mais incomplets, qui détectent automatiquement les poissons, suivent leurs trajectoires et identifient l’espèce. La détection des échos des poissons ouvre la voie à une mesure centimétrique automatique de leur taille, caractéristique indispensable à l’amélioration des connaissances relatives à l’écologie et nécessaire à la gestion des populations de poissons.Vous serez plus particulièrement en charge de :1- Estimer automatiquement les tailles des poissons sur les vidéos acoustiques : le candidat prendra en main et adapter les scripts existants (Le Quinio et al., 2023 ; 2024) qui visent notamment à segmenter sur chaque image le corps du poisson tout au long de sa détection, et sera en mesure d’extraire leurs caractéristiques morphologiques à partir de ces informations et de leur position dans le faisceau de détection. . Les modules développés par le candidat seront intégrés aux outils déjà existants et fonctionnels : l’outil Eel counter (LNHE, EDF) permettra donc, en plus du comptage en quasi-temps réel du nombre d’anguilles détectées, d’exporter des informations sur les distributions en taille.