Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Référence : INRAE-OT-30190
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)
- Localisation : Vaucluse
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Ingénieur·e d’études en bio-informatique génomique - Analyse de la recombinaison chez la tomate
Dans le cadre du projet PEPR (Programme d’Equipement Prioritaire de Recherche) Sélection Végétale Avancée DIVEDIT (Promoting AgrobioDIVersity through genome EDITing) ayant pour but d’augmenter la diversité génétique dans les programmes de sélection par l'utilisation de l’édition du génome, l’UR GAFL (Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes) d’Avignon recrute un.e ingénieur.e d’Etudes en Bioanalyses et Bioinformatique pour une durée de 6 mois.
La partie du projet développée au GAFL consiste à étudier l’effet de l’inactivation de gènes régulant la méiose sur la recombinaison génétique chez la tomate (Solanum lycopersicum). La personne recrutée viendra appuyer l’équipe en place pour l’analyse des prototypes (lignées) obtenues par approche d’édition du génome, et en cours d’analyse au laboratoire.
Missions rattachées au poste :
Votre mission consistera à analyser des données de séquençage (short read/ long read) pour caractériser les lignées utilisées ou produites afin :
D’identifier les gènes introgressés, les variants structuraux et les polymorphismes nucléiques (SNP) dans les régions non recombinogènes
Analyser les recombinaisons génétiques dans des contextes mutants
De générer des jeux de données et des représentations graphiques en vue d’une publication en veillant aux bonnes pratiques (FAIR) de l’analyse des données.
Votre rôle sera d’analyser les données générées en utilisant les outils appropriés et d’apporter des solutions analytiques à l’équipe de recherche avec laquelle vous collaborerez. Vous interagirez fréquemment avec les personnes du projet en charge de la partie moléculaire du projet, mais aussi avec l’équipe Informatique, Data et Bio-informatique.
Activités principales :
- Collecter, organiser et contrôler la qualité des données de séquençage génomique issues de lectures courtes et longues.
- Réaliser l’alignement des séquences sur les génomes de référence et, si nécessaire, leur assemblage.
- Détecter, filtrer, annoter et interpréter les polymorphismes nucléotidiques, les indels et les variants structuraux.
- Identifier et caractériser les régions génomiques introgressées et les régions présentant une recombinaison réduite.
- Analyser les événements de recombinaison génétique dans les lignées témoins et mutantes.
- Mettre en œuvre, adapter et documenter des pipelines bio-informatiques reproductibles sur un cluster de calcul.
- Réaliser des analyses de génomique comparative et produire des représentations graphiques destinées à l’interprétation des résultats et aux publications scientifiques.
Profil recherché
Compétences :
Formation recommandée : Bac +5 en bio-informatique
Connaissances et compétences recherchées
Compétences requises
- Connaissances en génétique, génomique et bio-informatique.
- Expérience dans l’analyse de données de séquençage haut débit, issues de lectures courtes (short reads) et longues (long reads).
- Maîtrise des principales étapes d’analyse : contrôle qualité, alignement, assemblage, détection et analyse des SNP, indels et variants structuraux.
- Maîtrise du langage R.
- Connaissance de Python, Bash, Git et des principes FAIR.
- Maîtrise du travail sous environnement Linux.
- Expérience de l’utilisation d’un cluster de calcul avec un ordonnanceur de tâches de type SLURM.
- Expérience dans l’utilisation ou l’adaptation de pipelines bio-informatiques reproductibles, avec un outil tel que Snakemake ou Nextflow.
- Connaissance des outils de gestion de versions, notamment Git, et des outils de conteneurisation tels qu’Apptainer/Singularity.
- Capacité à interpréter des données biologiques, à effectuer une analyse bibliographique et à restituer clairement les résultats.
- Aptitude à travailler en interaction étroite avec les équipes de génétique et de biologie moléculaire.
Maîtrise de l’anglais scientifique.
Compétences appréciées
- Expérience en génomique comparative et connaissance d’outils de comparaison, d’alignement et de visualisation de génomes.
- Expérience dans l’analyse et la mise en forme de données scientifiques, ainsi que dans la production de figures de qualité publication.
- Expérience dans l’analyse de la recombinaison génétique.
- Connaissances en génétique végétale.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
Qui sommes-nous ?
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.
Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
Rejoignez une communauté engagée et agissez pour l’intérêt général !
À propos de l'offre
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Vacant à partir du 01/10/2026
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Experte / Expert en calcul scientifique
