Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Environnement de travail, missions et activités :

La tomate est un légume largement consommé et produit mondialement. Elle est particulièrement affectée par le changement climatique, notamment dans la région méditerranéenne, avec des épisodes de canicule et des problèmes liés à la disponibilité et la qualité de l'eau. L'amélioration variétale est un levier important pour maintenir le rendement et la qualité des productions. Les interactions entre le génotype et l'environnement (G×E) constituent une forme majeure de variation. Sa dissection permet aux sélectionneurs de mettre au point de nouvelles variétés adaptées à des conditions environnementales spécifiques ou des variétés plus résistantes. Toutefois, les interactions G×E résultent de mécanismes biologiques complexes et de leurs réponses à l’environnement ce qui freine notre compréhension des relations entre génotypes et phénotypes. 

Le projet EnviroTom propose de développer l'envirotypage pour la tomate cultivée sous abri, pour identifier les caractères phénotypiques et environnementaux ainsi que les haplotypes optimaux pour la production de tomate en environnement fluctuant. Le projet met en place un réseau d'essais multi-site autour de la méditerranée et utilise une mesure précise de l’environnement et sa modélisation pour caractériser finement chaque essai. Cette caractérisation permettra de définir des indicateurs climatiques pertinents et les envirotypes de la zone de production. L’inclusion de l’envirotypage dans les modèles génétiques améliorera la modélisation des interactions G×E, facilitant l’identification d’idéotypes de tomate adaptés aux différents envirotypes. Ce projet interdisciplinaire combine des données phénotypiques, génétiques et climatiques, avec du matériel génétique très diversifié (ressources génétiques d’Amérique du sud et matériel élite). EnviroTom repose sur une collaboration entre des laboratoires publiques (unités de recherche et expérimentale) et des entreprises privés (semenciers). 

Les travaux menés dans ce projet reposent sur une core-collection d’environ 150 accessions de tomates cerises sélectionnées pour leur diversité génétique qui a déjà été caractérisée dans plusieurs expérimentations en conditions stressantes et optimales. Les conditions environnementales sont également disponibles et des covariables environnementales ont été calculées dans trois phases de développement des plantes. Ce panel est entièrement reséquencé avec environ 6M de SNP disponibles. Dans le cadre du projet, il sera caractérisé en hybride, avec croisement par un testeur commun pour pouvoir mieux comparer les résultats obtenus avec le matériel élite hybride des partenaires privés et pouvoir transférer les résultats plus rapidement vers le pré-breeding. Le panel hybride sera évalué lors d’un essai au printemps 2027 au GAFL et dans des essais chez les partenaires privés dans des sites autour de la méditerranée.

Vos missions

Dans le cadre de ce projet, vos missions consisteront à : 

-Analyser des données de caractérisation environnementale et phénotypique. En lien avec les partenaires du projet de l’unité PSH, les données environnementales seront utilisées pour simplifier deux modèles climatiques. Les données phénotypiques seront couplées aux données de re-séquençage  déjà acquises pour disséquer l’architecture des traits d’intérêts par des modèles de GWAS single et multi-environnement et tester des modèles de prédiction génomique multi-environnement avec inclusion de co-variables environnementales.

 -Assurer le suivi d’un essai en serre, avec les responsables scientifique et technique. L’essai se déroulera au printemps 2027 en serre semi-équipée et comprendra environ 800 plantes. Un protocole de phénotypage a déjà été testé et sera ajusté pour ce projet. Les données climatiques seront enregistrées automatiquement mais leur vérification manuelle sera faite au moins une fois par semaine. 

-Participer au suivi à distance des essais chez les partenaires privés. Ce suivi se fera par visio avant chaque essai et au moins une ou deux fois pendant l’essai pour assurer l’enregistrement des données climatiques et la réalisation du protocole. Les ajustements nécessaires seront proposés suivant les entretiens de suivis.

-Apporter un soutien aux tâches liées à la gestion du projet en lien avec la personne responsable du projet. Vous participerez à la rédaction des livrables, aux réunions de travail et aux réunions annuelles du projet. 

Vous serez plus particulièrement en charge des tâches suivantes :

Vous serez mobilisé·e sur la collecte, le stockage, la gestion des données sur le serveur INRAE et la mise en forme des données de phénotypage et environnementales pour la préparation des analyses statistiques

Vous serez en lien avec l’équipe informatique, bio-analyses et biostatistiques de l’unité

Vous prendrez en charge le traitement des données dans le langage R pour mettre en œuvre des statistiques descriptives et des modèles statistiques pour l’étude de la relation génotype-phénotype, notamment via la génétique d’association (GWAS)

Vous appliquerez des modèles statistiques appropriés à l’analyse de données issues d’essais multi-site (modèles GxE)

Vous serez amené·e à interagir avec les techniciens de l’équipe, personnels en CDD et stagiaires et l’unité expérimentale A2M qui gère les infrastructures expérimentales

Vous rendrez compte régulièrement de l’avancée de vos résultats

Vous participerez aux réunions de projets et vous serez amené·e à présenter vos résultats

Vous serez impliqué·e dans la logistique des projets : organisation des meetings, reporting des réunions, interactions avec les partenaires, compilation des documents, rédaction des rapports… 

Vous participerez aux réunions d’équipe.