Ingénieur-e en analyses par spectrométrie de masse

Vous exercerez votre activité au sein de l’UMR1332 Biologie du Fruit et Pathologie, partenaire de MAMBO. Comptant actuellement plus de 150 personnes, y compris le personnel non permanent, l'UMR 1332 BFP est un partenariat entre INRAE (départements Biologie et Amélioration des Plantes ainsi que Santé des Plantes et Environnement) et l'Université de Bordeaux. Il constitue un pilier majeur de la recherche en biologie végétale en Nouvelle-Aquitaine. Parallèlement à ses activités de recherche, l’UMR BFP est fortement impliquée dans l'enseignement et la formation dans le domaine des sciences végétales, mais aussi en microbiologie et en biochimie. Il bénéficie de partenariats solides et d'une grande visibilité internationale, comme en témoignent la coordination de plusieurs projets financés par l'Union Européenne ou de réseaux de collaboration, l'établissement d'un laboratoire international associé avec l'université de Tsukuba au Japon (LIA FReQUenCE) et la participation à plusieurs projets internationaux. L’UMR BFP a également établi des partenariats solides dans plusieurs domaines avec l'industrie ou les organisations de producteurs.

L'équipe MéTA est une équipe pluridisciplinaire (chimie analytique, biochimie, biologie moléculaire, physiologie, statistiques et bio-informatique) qui utilise des approches de Biologie Systémique pour comprendre le métabolisme et la manière dont il participe à la performance des plantes, que ce soit en termes de rendement ou d'adaptation aux stress abiotiques et biotiques. L'équipe génère de grands ensembles de données pour développer, paramétrer et valider des modèles prédictifs. Des modèles mathématiques ascendants (des mécanismes au phénotype) sont utilisés pour comprendre comment les flux et les concentrations de métabolites sont contrôlés. Les modèles descendants (du phénotype aux mécanismes) sont utilisés pour rechercher des marqueurs métaboliques associés à la performance, première étape vers l'identification des mécanismes sous-jacents. Si l'équipe s'est concentrée ces dernières années sur le métabolisme central, elle s'intéresse désormais également au métabolisme redox ainsi qu'au métabolisme secondaire, notamment en raison de leur implication dans l'adaptation à l'environnement. L'équipe MéTA héberge également l'installation Bordeaux Metabolome qui permet une large gamme de métabolomique ciblée et non ciblée.

Dans ce contexte, votre mission consistera à développer des méthodes d’analyses par spectrométrie de masse (MS) ciblées et haut-débit grâce à l’utilisation d’une plateforme robotisée présente sur l’ISC Bordeaux Metabolome, afin de pouvoir fournir à termes un service de mesure de régulateurs métaboliques, en particulier ceux liés au métabolisme redox (ascorbate, glutathion, nucléotides à pyridine, formes actives de l’oxygène, etc.) et hormonaux. Les développements s’inscriront dans une démarche FAIR, afin de garantir au maximum l’interopérabilité des données.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Développer des méthodes de profilage MS haut-débit pour l’analyse ciblée de régulateurs métaboliques de plantes (redox, hormones) par LCMS et ICMS dans des matrices végétales (feuilles, fleurs, fruits, rhizosphère, etc.) ;
• Développer des méthodes de profilage MS haut-débit du ionome pour l’analyse ciblée d’ions majoritaires dans des matrices végétales (feuilles, fleurs, fruits, rhizosphère, etc.) ;
• Construire des banques de données spectrales à partir d’une chimiothèque diversifiée afin d’améliorer les niveaux de confiance dans l’annotation de métabolites végétaux et rhizosphériques.