Ingénieur-e en bio-informatique

Nous recherchons un.e ingénieur.e très motivé.e pour contribuer au projet MUSCASEQ, qui s’intéresse à la caractérisation des gènes de résistance aux ravageurs du sol (nématodes et phylloxera), et plus particulièrement ceux issus d’une source Muscadine, dans des conditions environnementales variées. Il s’agit de participer à l’assemblage de la séquence du génome d’un hybride de vigne majeur pour la sélection variétale et de conduire un travail d’annotation et de caractérisation des gènes de résistance, en réponse à des contraintes biotiques.

Vous rejoindrez un collectif composé de bioinformaticien-ne-s, de généticien-ne-s, de biologistes, de nématologistes qui accompagne de nombreux projets de recherche en partenariat. Au sein de l’UMR EGFV, vous serez rattaché-e aux thèmes ROOTi et GENEPI. Vous travaillerez également en étroite collaboration ainsi que l ’unité de recherche ISA de Sophia Antipolis sur les aspects d’annotations. Cela pourra vous amener à effectuer des missions sur place. Dans le cadre de MUSCASEQ vous aurez également des échanges avec l’unité GénoVigne de l’Institut Français du Vin. Cet environnement vous permettra de vous intégrer à un réseau scientifique actif. Vous interviendrez dans un contexte où les données génomiques prennent une place croissante dans les projets de recherche.

Vos responsabilités seront les suivantes :

Votre mission consistera à créer et structurer un jeu de données génétiques, génomiques et transcriptomiques concernant un clone d’intérêt pour la création de futurs porte-greffes de vigne.

Vous aurez en charge des activités suivantes :

• Réalisation de l’assemblage d’un génome de plante à partir de données génomiques de type « long reads » (PACBIO Hifi) déjà obtenues. 
• Vous intégrerez les données génétiques (carte génétique) déjà obtenu par le consortium en liaison avec l’unité GénoVigne.
• Vous réaliserez l’annotation structurelle et fonctionnelle du génome (i) en vous appuyant sur des annotations de génomes déjà publiés et (ii) sur des données transcriptomiques qui seront générées au cours du projet. Un focus particulier sur l’annotation et la distribution des gènes de résistance dans des zones d’intérêt sera réalisé en appui de l’unité ISA.
• Vous utiliserez /mettrez en œuvre des pipelines / workflow en utilisant des outils existants….
• Vous gérerez les données brutes et pré-traitées, et assurer leur mise à disposition dans des répertoires dédiés
• Vous évaluerez les outils existants pour retenir les solutions les plus adaptées aux besoins du projet
• Vous assurerez une veille scientifique sur les méthodes et outils innovants.