Ingénieur-e en étude des communautés microbiennes dans les aliments fermentés

supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés. Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché-e administrativement à l’unité de recherche Micalis, Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé, unité mixte de recherche INRAE, AgroParisTech et Université Paris-Saclay, située au centre INRAE Île-de-France, à Jouyen- Josas - Antony, où vous exercerez vos missions. Vous exercerez vos missions au sein de la plateforme distribuée Micalis-PIAM, et plus spécifiquement sur le plateau PIAM dédié à l’étude des interactions spatiales dans les aliments fermentés solides. Ce plateau vise à développer des approches expérimentales et quantitatives permettant de décrire, mesurer et modéliser les interactions entre microorganismes, ainsi que celles entre microorganismes et matrices alimentaires hétérogènes. Les applications visées concernent notamment la compréhension et l’optimisation des processus de fermentation, ainsi que le développement de stratégies de biopréservation.

Sous la responsabilité scientifique de Romain Briandet, vous serez principalement en charge de deux équipements structurants du plateau PIAM : un bio-imprimeur 3D destiné à l’impression contrôlée de communautés microbiennes dans des matrices modèles ou alimentaires, et un microscope confocal déjà installé à Micalis permettant l’observation tridimensionnelle et dynamique de ces communautés. Vous travaillerez en articulation étroite avec l’ingénieur-e d’études responsable des microfermenteurs, afin de construire une chaîne expérimentale intégrée combinant bio-impression 3D, imagerie confocale, microfermentation et analyse quantitative.

Votre mission consistera à concevoir, développer, qualifier et mettre à disposition une offre technologique innovante pour l’étude spatialisée des communautés microbiennes dans les aliments fermentés solides. Vous

contribuerez à la mise en place de protocoles de bio-impression compatibles avec la viabilité microbienne, les propriétés physico-chimiques des matrices et les contraintes d’imagerie. Vous développerez également des méthodes d’imagerie confocale et d’analyse d’images permettant de suivre l’organisation spatiale, la croissance et les interactions dynamiques des communautés microbiennes imprimées.

Vos principales activités seront :

• Participer au choix final, à l’installation, à la qualification et à la mise en service du bio-imprimeur 3D.

• Développer des protocoles de bio-impression de communautés microbiennes vivantes dans des matrices

modèles et alimentaires.

• Adapter les paramètres d’impression aux contraintes biologiques des microorganismes, aux propriétés

rhéologiques des matrices et aux objectifs scientifiques des projets.

• Concevoir des approches de spatialisation contrôlée de microorganismes permettant d’étudier les

interactions entre souches, espèces ou consortia microbiens.

• Assurer l’exploitation, la maintenance de premier niveau, le suivi qualité et l’évolution méthodologique

du microscope confocal.

• Développer des protocoles d’imagerie confocale 3D et 4D pour suivre l’organisation et la dynamique des

communautés microbiennes dans des matrices hétérogènes.

• Mettre en place des méthodes d’analyse d’images permettant de quantifier la distribution spatiale, la

croissance, la colonisation, l’exclusion, la coexistence ou les interactions entre populations microbiennes.

• Contribuer, en interaction avec l’ingénieur-e d’études responsable des microfermenteurs, à l’intégration

des données issues de la bio-impression, de l’imagerie et de la microfermentation.

• Accompagner les utilisateurs académiques et les partenaires du Grand Défi Ferments du Futur dans la

définition de leurs besoins expérimentaux, la conception des protocoles, la réalisation des expériences

et l’interprétation des résultats.

• Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la bio-impression, de l’imagerie

confocale, de l’analyse d’images, des communautés microbiennes et des aliments fermentés.

• Rédiger les modes opératoires, procédures qualité, documents de traçabilité et supports de formation

associés aux équipements et aux protocoles développés.

• Former les utilisateurs aux bonnes pratiques d’utilisation des équipements, aux contraintes de

biosécurité et aux méthodes d’analyse associées.

• Contribuer à la valorisation scientifique et technologique des développements réalisés sous forme de

rapports, publications, présentations, formations, savoir-faire ou projets collaboratifs.

• Participer à l’animation scientifique et technologique du plateau PIAM, de la plateforme distribuée

Micalis-PIAM et du réseau Ferments du Futur.

Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée et du centre d’innovation Ferments du futur, sous la coordination du directeur des opérations et

technologies Ferments du Futur. Ponctuellement, la mission pourra également s’exercer au sein d’autres unités participant au Grand Défi Ferments du Futur, en fonction des besoins scientifiques, technologiques et partenariaux du programme.

Vous consacrerez environ 20% de votre temps à des activités de l’équipe micalis B3D, en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil.