Ingénieur-e en expertise manuelle d'annotation et analyse de structure de familles multigéniques chez

Au sein de l’équipe, nous avons développé un pipeline dédié spécifiquement à l’annotation de ces gènes, qui tient compte de leurs caractéristiques. Le pipeline propose une approche comparative de l’annotation et son efficacité repose sur la constitution d’une base de données de gènes expertisés la plus complète possible.

Missions

Vous serez chargé.e de conduire l’expertise manuelle de l’annotation nombreux gènes de type récepteurs à domaine LRR et d’analyser ces gènes dans une approche comparative interspécifique. Pour cela vous devrez vous reposer sur vos connaissances en génétique et génomique évolutive pour (1) réaliser l’expertise de plusieurs NLR, LRR-RLK et LRR-RLP dans le génome de référence du bananier et dans plusieurs génomes de riz (Oryza rufipogon et Oryza sativa indica) et (2) analyser l’ensemble de ces familles (alignement, phylogénie et constitution d’orthogroupes), support pour les analyses évolutives menées dans l’équipe. 

Activités techniques

•    Exploiter les ressources génomiques de bananiers et de riz disponibles (génomes complets, premières versions automatiques de l’annotation, données RNA-Seq) pour expertiser un ensemble de gènes qui seront choisis sur des critères de diversité, de localisation, et de structure, et qui seront ajoutés à la base de données utilisée par le pipeline. 

•    Utiliser les prédictions faites, conjointement à celles qui sont déjà disponibles, pour réaliser des analyses de structures de ces familles multigéniques (nombre d’orthogroupes, dynamique évolutive …).

•    Apporter votre expertise pour guider le travail d’amélioration du pipeline développé dans l’unité pour gagner en efficacité de prédiction automatique et réduire l’écart entre prédiction automatique et expertise manuelle. 

Environnement de travail

Les travaux seront principalement réalisés au sein de l’unité de recherche AGAP Institut qui mène des recherches sur l’amélioration génétique et l’adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales. Vous serez rattaché à l’équipes GE2pop (Génomique évolutive et gestion des populations) à Montpellier. Vous bénéficierez de l'appui et de l'expérience de généticiens, génomiciens, et bioinformaticiens de l’unité.