Ingénieur-e en simulation et optimisation de programmes de conservation

Les races avicoles locales françaises arborent une diversité impressionnante et constituent une part importante de la biodiversité domestique nationale. Elles revêtent un aspect patrimonial et sont intimement liées aux territoires et terroirs. Cependant, leurs effectifs sont faibles ce qui les met en situation de risque de disparition ou d’abandon. C’est pourquoi des programmes de sélection et/ou de conservation sont mis en place afin d’en assurer la pérennité. Cependant, les noyaux de conservation de ces races sont souvent concentrés dans un seul endroit. Aussi, dans un contexte épidémique important (ex : grippe aviaire), il est important de mettre en place une solution de sauvegarde de ces noyaux en cas d’atteinte et de disparition. Ceci repose sur l’utilisation des biotechnologies de la reproduction tel que la congélation et l’utilisation de semence ou d’embryons. Dans ce cadre, il est important d’optimiser ces stratégies de sauvegarde en fonction de la population considérée (diversité et structure génétique), mais aussi des moyens, techniques et financiers, à disposition. En effet, il faut s’assurer d’être en mesure de récupérer la plus grande part de la diversité initialement présente dans le noyau de conservation ou de sélection avant l’épidémie. Dans ce cadre, des modèles de simulations ont été créés dans le but de tester différents scenarios de sauvegarde, variant suivant les techniques utilisées et les dimensions choisies.

Votre mission consistera à utiliser des simulateurs pour évaluer les différents scénarios avec l’aide des scientifiques de l’équipe. Ce travail consistera à lancer des simulations avec de grands nombres de paramètres, d’en analyser les sorties et d’optimiser la stratégie de sauvegarde. Ces travaux seront menés en étroite collaboration avec le SYSAAF (SYndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français) qui porte le projet RESIGEN dans lequel s’inscrit cette étude (financement BPI France).

Vous serez plus particulièrement en charge de :

1. Définir et paramétrer différents scénarios de sauvegarde et de conservation de races locales.
2. Mettre en œuvre des simulations de schémas de conservation et de plans de sauvegarde, notamment via le logiciel MoBPS et/ou d’autres outils développés en R.
3. Analyser les résultats obtenus et évaluer statistiquement les performances des différents scénarios.
4. Participer à la valorisation des résultats (rapports, communications internes, publications éventuelles).