Ingénieur-e génie informatique et statistiques H/F
Référence : 2024-1650429
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
-
Employeur :
Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)
INRAE Centre Provence-Alpes-Côte d'Azur - Pathologie Végétale (PV) - Localisation : Avignon
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Dans ce contexte vos missions seront :
1) assurer le maintien et l'évolution du SI PathoBase à PV :
- assurer le versioning, le débogage et la création de requêtes génériques et de rapports de synthèse ;
- analyser l'évolution des besoins des utilisateurs en fonction des modèles biologiques et des projets de recherche et réaliser les développements, les tests et le déploiement des solutions retenues ;
- assurer la formation des utilisateurs de PathoBase et promouvoir les bonnes pratiques autour de la production, la gestion et le partage des données en interaction avec les Référentes Données Opérationnelles (RDO) de l'unité ;
- contribuer à automatiser la saisie des informations dans ce SI via l'utilisation de code-barres, GPS, formulaires d'enquêtes (KoBoToolbox), banques d'images;
- participer à la mise en place des pipelines d'analyse (interrogation du SI, préparation des données, exécution de calculs scientifiques) ;
2) coordonner progressivement le transfert de l'architecture de Pathobase vers d'autres Unités SPE partageant les mêmes contraintes de gestion, de traçabilité et de partage des données. Dans un premier temps, ce transfert s'effectuera vers 4 Unités (PSH, PHIM, DGIMI et CBGP) au sein desquelles des référent-e-s informatiques prendront en charge les aspects pratiques de l'installation et du maintien du SI dans les Unités. Vous travaillerez avec ces référent-e-s pour :
- évaluer la faisabilité du transfert du SI en fonction des besoins utilisateurs : nécessité d'adaptation de modules ou de développement de nouveaux modules, évolution de l'interfaçage, etc ;
- proposer et implémenter des solutions à tester pour répondre aux besoins identifiés ;
- former les référent-e-s informatiques des unités aux nouvelles fonctionnalités;
- identifier des possibilités concrètes de déploiement répondant aux nécessités de sauvegarde, de restauration et d'accès sécurisé aux données partagées.
Le travail sera réalisé en collaboration étroite avec l'ingénieur ayant développé PathoBase. Vous bénéficierez de l'appui de chercheurs-euses impliqué-e-s dans le développement de ce SI pour clarifier les besoins utilisateurs et prioriser les actions à mener. Vous vous appuierez sur le réseau de compétences en gestion de bases de données des plateformes GeOpen4S et Epidémiologiesurveillance en Santé Végétale à Avignon. Le transfert vers les autres unités sera réalisé en interactions avec les référent-e-s informatiques et les RDO et sous l'égide de la Direction du Département SPE.
Profil recherché
Formation recommandée en informatique orientée développement logiciel.
Expériences souhaitées :
- gestion et/ou développement de bases de données ;
- traitement de l'information, sous ses aspects à la fois informatique et statistique.
Compétences recherchées :
- maîtrise de langages de programmation variés et évolutifs : PostgreSQL, Python, R ;
- maîtrise d'environnements de travail en collectif reproductible : linux, git, conda ;
- curiosité / ouverture d'esprit / créativité ;
- goût du travail en équipe en mode projet ;
- intérêt pour la biologie ;
- maîtrise de l'anglais.
Ce poste est à pourvoir par voie de mobilité interne ou de détachement.
Poste ouvert uniquement aux agents titulaires (fonctionnaires) ou contractuels en CDI de droit public.
Pour postuler, vous devez candidater en ligne sur le site Jobs.inrae.fr
Les candidatures par mail ne sont pas acceptées.
Date limite pour postuler : 10/09/2024 à 17h00
Localisation
Éléments de candidature
Personne à contacter
Karine BERTHIER - 04 32 72 28 47- karine.berthier@inrae.fr
Qui sommes-nous ?
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.
Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
Rejoignez une communauté engagée et agissez pour l’intérêt général !
Descriptif du service
Diverses Unités du Département Santé des Plantes et Environnement (SPE) mènent des recherches sur les interactions entre l'environnement, de la plante au paysage, et les bioagresseurs ou microorganismes bénéfiques dans l'objectif de développer des méthodes efficaces, raisonnées et durables de protection des cultures. Ces travaux nécessitent une chaine de traitement dynamique des données, depuis leur collecte et leur stockage jusqu'à l'analyse et la modélisation de ces interactions. Pour répondre à cet enjeu, l'Unité Pathologie Végétale (PV), qui s'intéresse aux microorganismes phytopathogènes ou bénéfiques, développe depuis 2016 le Système d'Information (SI) PathoBase. Ce SI s'appuie sur un ensemble de modules développés sous le système de gestion de bases de données PostgreSQL/PostGIS et sur une interface homme-machine dans le framework python web2py.
Ce SI, interopérable avec d'autres logiciels, contient des informations sur : i) les échantillons biologiques (origine géographique, substrat, taxonomie), ii) les souches de collections de référence sur les microorganismes étudiés, iii) leur localisation et mode de stockage au laboratoire et iv) les expérimentations réalisées (inoculation, PCR), leurs résultats (séquences nucléotidiques) et les diagnostics à destination de la profession. PathoBase est hébergé sur la plateforme GeOpen4S, une infrastructure mutualisée pour la gestion et l'analyse de données géoréférencées sur les agroécosystèmes du centre PACA.
À propos de l'offre
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Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.
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- Travail sur écran ;
- Déplacements fréquents, en particulier entre Avignon et Montpellier. -
Vacant à partir du 01/02/2025
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Experte / Expert en information statistique
