Ingénieur en bioinformatique (H/F) pour l'étude de traductomes et du transcriptomes

Référence : UMR9198-OLINAM-008

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 91198 GIF SUR YVETTE (France)
Domaine : Recherche
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Date limite de candidature : 26/06/2026

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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat

    CDD d'1 an
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels entre 3237€ et 3505€ bruts mensuels selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Ce travail s'inscrit dans un projet financé par l'INCa qui vise à étudier les régulations traductionnelles par « ribosome profiling » dans différents systèmes biologiques, des bactéries pathogènes aux cellules humaines (saines ou cancéreuses). Cette approche permet une vision globale de la traduction de l'ensemble des ARNm de la cellule, à l'échelle du génome et résolue au codon, grâce au séquençage massif des fragments d'ARNm protégés par le ribosome. L'objectif est de comprendre les mécanismes de régulation qui se mettent en place en réponse à différents stress, ou en fonction des modifications chimiques présentes sur les ARNt et les ARNr.
Activités :
L'activité de la personne recrutée se fera sous la direction scientifique du responsable du projet. Elle sera en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit générées dans l'équipe (ribosome profiling, RNA-seq, séquençage direct d'ARN) à partir de cellules humaines saines ou cancéreuses et de bactéries pathogènes. Il s'agit d'un environnement de travail riche et stimulant, qui nécessite de traiter des données variées.
Ce travail sera complété par le développement et la maintenance d'outils informatiques spécifiques à l'analyse du traductome (RiboSeq) et des modifications chimiques portées par les ARN (ARNt, ARNr). Ces outils permettront une analyse qualitative et quantitative des résultats de séquençage, afin de regrouper les gènes candidats par familles fonctionnelles (clusters).
Pour cela, il ou elle devra notamment :
- analyser la littérature scientifique ;
- identifier les réseaux de gènes impliqués dans les différentes conditions expérimentales ;
- mettre en relation les profils de traduction avec les modifications des ARN ;
- interroger les banques de données en ligne (KEGG, Gene Ontology, etc.).
- identifier les déterminants communs expliquant les régulations observées.
Contexte de travail :
La personne recrutée intégrera l'équipe de Génomique, Structure, et Traduction (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/equipe-genomics-structure-and-translation/) spécialisée dans l'étude des mécanismes de la fidélité de la traduction chez les eucaryotes. Elle est située au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) basé sur le campus d'Orsay/Gif-sur-Yvette (http://www.i2bc.paris-saclay.fr/) au cœur du plateau de Saclay et de l'université Paris-Saclay.

Profil recherché

Competences :
Niveau Master 2, ingénieur, avec une première expérience dans le traitement et l'analyse NGS.
• Maîtriser les concepts et outils de la bioinformatique.
• Maîtriser un ou plusieurs langage(s) de programmation (Bash, R, Python).
• Connaissances en analyses statistiques de données « omiques ».
• Des notions de biologie/génomique sont obligatoires.
• Une connaissance de la detection des modifications d'ARN par séquencage direct d'ARN serait un plus, mais n'est pas obligatoire.
• Des notions FAIR : gestionnaires de version (Git), de pipeline (Snakemake) et de conteneurs (Docker) seraient appréciées
• Être capable de travailler à l’interface entre les biologistes et les bio-informaticiens.
• Avoir un réel intérêt pour les questions biologiques.
• Faire preuve d’autonomie, d’initiative et d'une forte motivation.
• Niveau d'anglais entre B1 et B2.
• Être organisé et consciencieux.
• Très bonne aptitude relationnelle pour travailler en équipe

Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

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À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques

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