Ingénieur (H/F) en développement informatique – Ecologie microbienne marine
Référence : UMR7144-LAUGAR-001
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 29688 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels 2496 € à 2879€ brut mensuel selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Contexte
Les α-cyanobactéries sont les procaryotes photosynthétiques les plus abondants et ubiquistes dans les écosystèmes marins et d'eau douce. Ce succès écologique ainsi que les nombreuses souches, génomes et métagénomes disponibles en font des modèles pertinents en écologie microbienne, qui peuvent être étudiés à toutes les échelles d'organisation, des gènes aux écosystèmes. Cependant, leur longue histoire évolutive, leurs morphologies similaires, leur grande plasticité phénotypique et génotypique entre lignées apparentées ont jusqu'à présent rendu difficile leur classification, alors qu'une systématique fiable est essentielle pour établir les liens entre diversification phylogénétique, capacités fonctionnelles et colonisation de niches environnementales spécifiques. Dans ce contexte, le projet ANR TaxCy (2024-28) a pour objectif de i) proposer une formulation intégrative du concept d'espèce pour les α-cyanobactéries en combinant phénotypes, génotypes et habitat, et ii) d’utiliser ce système de classification optimisé pour mieux comprendre comment les écotypes se différencient fonctionnellement et écologiquement de leurs proches parents en réponse aux facteurs environnementaux. Ce projet nécessite le développement, la mise à jour ou l'expansion de vastes bases de données de gènes marqueurs (CyanoMarks), de génomes (Cyanorak) et de traits (CyanoTraits), qui nous permettront d’identifier les spécificités fonctionnelles de chaque écotype et de construire des modèles de niches métaboliques et écologiques réalistes pour les principaux écotypes d’α-cyanobactérie.
Dans ce cadre, la plateforme ABIMS (FR2424) et l’équipe ECOMAP (UMR7144) de la Station Biologique de Roscoff recrute un·e ingénieur·e en développement informatique pour contribuer au développement et à la structuration de ressources bioinformatiques de référence dédiées aux picocyanobactéries marines. La personne recrutée travaillera en particulier sur l’intégration de traits fonctionnels au sein de la base de référence CyanoMarks et son interopérabilité avec le système d’information Cyanorak, plateforme dédiée à la visualisation, l’annotation et l’analyse comparative des génomes d’α-cyanobactéries.
Le poste s’inscrit dans un environnement fortement interdisciplinaire, à l’interface entre bioinformatique, génomique et écologie microbienne, et impliquera des interactions régulières avec les membres du consortium ANR TaxCy ainsi qu’avec les utilisateurs des ressources développées.
Missions
La personne recrutée aura pour principales missions :
• Développer et structurer la base de données CyanoMarks, notamment par l’intégration, la standardisation et la structuration de données relatives aux traits fonctionnels des picocyanobactéries (CyanoTraits)
• Concevoir et mettre en œuvre les développements informatiques nécessaires à l’intégration des traits fonctionnels dans l’écosystème des bases de données de référence dédiées aux picocy
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
Compétences techniques
• Formation supérieure en informatique, bioinformatique ou domaine équivalent
• Solides compétences en ingénierie logicielle dans le domaine des applications Web
• Bonne maîtrise d’au moins un langage de programmation, notamment Python, Java (frameworks Spring & Hibernate), JavaScript
• Bonne connaissance des bases de données relationnelles et du langage SQL expérience avec le SGBDR PostGreSQL
• Expérience dans la conception ou l’utilisation d’API et de services web appréciée
• Connaissance des environnements Linux et des outils de gestion de versions, notamment Git
• Une expérience dans le développement ou la maintenance de bases de données scientifiques ou biologiques serait particulièrement appréciée
• Des connaissances en bioinformatique, génomique ou gestion de données biologiques constitueraient un atout important
Compétences transversales
• Capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire et collaboratif
• Aptitude à dialoguer avec des utilisateurs ayant des niveaux différents en informatique
• Capacité à analyser des besoins scientifiques et à les traduire en spécifications techniques
• Rigueur dans la gestion et la documentation du code et des données
• Autonomie, sens de l’organisation et capacité à gérer plusieurs tâches en parallèle
• Bonnes capacités de communication écrite et orale
• Goût pour la formation et l’accompagnement des utilisateurs
Contraintes et risques :
Le poste ne présente pas de contraintes particulières. Des déplacements ponctuels pour participer à des réunions ou ateliers du consortium pourront être nécessaires.
Comment Postuler
Les candidatures doivent être déposées sur le portail emploi du CNRS et envoyées par email au contact ci-dessous en incluant :
• Un CV détaillé.
• Une lettre de motivation expliquant votre intérêt pour le projet et l'adéquation de votre profil.
• Les coordonnées de 2 à 3 référents académiques.
• Les relevés de notes de Master ou cursus ingénieur.
Contact: Laurence Garczarek, Équipe ECOMAP, Station Biologique de Roscoff. laurence.garczarek@sb-roscoff.fr
Date limite de candidature : 18/10/2026
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
- Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Conceptrice / Concepteur
