Ingénieur·e bioinformaticien·ne expert·e en pangénomique

La hernie des crucifères, causée par le protiste tellurique, Plasmodiophora brassicae, est une maladie racinaire majeure des brassicacées, dont le colza et le chou. Nos connaissances sur l’origine et l’étendue de la diversité de cet agent pathogène à l’échelle mondiale sont encore insuffisantes pour comprendre la diversité des pathotypes, l’expression et l’évolution de leur pouvoir pathogène et notamment de leur virulence (dont le contournement des résistances présentes dans les variétés végétales actuelles). Les projets PANGENOCLUB (financement Plant2Pro) et PLATOON (financement CASDAR) ont pour objectif d’améliorer nos connaissances sur le génome et la diversité de P. brassicae par la constitution et l’analyse de son pangénome et l’analyse de sa diversité dans différentes populations françaises prélevées dans les bassins majeurs de production de colza et de chou. Dans ce cadre, nous recherchons un·e ingénieur·e bioinformaticien·ne pour une durée de 18 mois pour prendre en charge : l’assemblage et l’annotation des génomes de 14 isolats monospores représentatifs des pathotypes majoritaires français et européens,la création d’un graphe de pangénome de l’espèce,l’analyse des données de séquençage en lectures courtes de 75 isolats populations prélevés dans les régions françaises de production de colza et de chou, et la caractérisation des variations génomiques entre les pathotypes,l’étude de la diversité génétique des isolats afin d’établir des premières hypothèses sur l’émergence, l’évolution des pathotypes et le contournement des résistances et l’établissement de marqueurs moléculaires spécifiques des différents pathotypes identifiés en France.Vous exercerez vos missions au sein de l’Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP) dont l’ambition est d’analyser, comprendre et prédire le fonctionnement des plantes et de leurs organismes associés dans le cadre de systèmes de production agroécologique durables, en limitant les intrants et en respectant l’environnement. Vous serez accueilli·e sur la plateforme bioinformatique de l’unité, GOGEPP, comprenant 7 ingénieur.e.s. L’objectif de cette plateforme est de fournir les ressources humaines, matérielles et logicielles afin de faciliter l’organisation, le partage, l’intégration et le traitement par la communauté scientifique, de données génomiques et associées (par exemple transcriptomique, métabolomique ou épigénomique).