Post-doctorat (H/F) en bioinformatique sur les biomarqueurs épigénétiques et psychosociaux du trouble d

Missions :
La personne recrutée rejoindra le projet BEBOP sur les biomarqueurs épigénétiques et psychosociaux de l’addiction, mené par le Dr Pierre-Eric Lutz à l’INCI. Son travail s’intégrera dans un projet collaboratif impliquant des psychiatres, sociologues et neurobiologistes, qui vise à identifier des biomarqueurs du trouble de l’usage d’opioïdes (ou addiction). Ces biomarqueurs sont « multimodaux », c’est-à-dire qu’ils font appel à des mesures épigénétiques sur des échantillons sanguins, ainsi qu’à des évaluations des facteurs sociaux et psychiatriques connus pour contribuer à la sévérité du trouble.

Le projet s’appuiera sur une cohorte multicentrique (n=275 individus recrutés à Lyon, Paris et Strasbourg) et sur un vaste ensemble de données déjà constituées. L’objectif principal sera d’analyser simultanément l’ensemble de ces facteurs afin de prédire la sévérité du trouble de l’usage d’opioïdes, en utilisant des approches de bio-informatique et d’apprentissage automatique. A terme, l’identification de biomarqueurs multimodaux pourrait permettre de développer des prises en charge personnalisées, dans une perspective de médecine de précision.

Le contrat initial de 20 mois pourra être prolongé.
Activités :
La personne recrutée sera responsable de la réalisation d'analyses bioinformatiques de données de séquençage portant sur l'expression des gènes (3’RNA-Sequencing) et la méthylation de l’ADN (Enzymatic Methylation sequencing). Puis elle sera responsable de mener des méthodes d’apprentissage automatique pour intégrer nos données multimodales (épigénétiques, psychiatriques et sociales), en adoptant une approche d'intégration incluant notamment les étapes et procédures suivantes :
- Réduction de dimension et sélection de variables (Feature Selection), par exemple en utilisant des approches de régression pénalisée de type Sparse Generalized Canonical Correlation Analysis, SGCCA ;
- Intégration par fusion de réseaux de similarité entre individus (de type Similarity Network Fusion, SNF), afin d’identifier des clusters de la sévérité du trouble de l’usage d’opioïdes ;
- Modélisation prédictive de la sévérité de l’addiction (par exemple avec des classifieurs tels que des Random Forests ou des Réseaux neuronaux), procédures de validation croisée avec rééchantillonnage ;
- Analyses de réseaux de co-expression pour favoriser l’interprétabilité biologique des modèles prédictifs.

Contexte de travail :
La personne recrutée sera employée par le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) et travaillera à l’Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI, UPR 3212), situé sur le campus de l’Esplanade de l’Université de Strasbourg, au cœur de Strasbourg, en France. L’institut bénéficie d’un excellent environnement scientifique, réunissant de nombreuses unités de recherche en biologie, neurosciences et sciences de la santé, et est facilement accessible en transports en commun (tramw
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