Poste de doctorant(e) en biologie du développement et bioinformatique (Paris) (H/F)

Sujet de thèse :
État de l’art
Le cervelet est indispensable chez tous les vertébrés à mâchoires pour la coordination motrice et les fonctions cognitives supérieures. Les neurones cérébelleux proviennent de deux principales zones germinatives : la zone ventriculaire et la lèvre rhombique supérieure (URL), une niche spécialisée de cellules souches neurales (CSN). Des travaux récents ont permis de mieux comprendre l’organisation de la lèvre rhombique humaine (hRL) et ont montré que des anomalies de son développement sont à l’origine de plusieurs syndromes humains. Ces découvertes remettent en question la vision traditionnellement centrée sur les rongeurs du développement de l’URL et soulignent la nécessité de modèles expérimentaux alternatifs ainsi que d’une meilleure compréhension des réseaux de régulation génique contrôlant les trajectoires cellulaires de cette structure.
Les T Cell Factors (TCFs) sont les principaux facteurs de transcription (FT) de la voie canonique de signalisation Wnt/β-caténine. Leur activité, associée à l’expression des répresseurs proneuronaux Hairy and Enhancer of Split (Hes/Hey), constitue une signature du maintien des cellules souches neurales. Bien que l’activité des TCFs et l’expression des gènes Hes/Hey soient détectées dans l’URL chez de nombreuses espèces, leurs fonctions précises ainsi que leurs interactions au sein de la lèvre rhombique cérébelleuse restent largement méconnues. Nos travaux ont identifié les amphibiens comme un modèle pertinent pour étudier le développement de l’URL chez les vertébrés et ont montré que les facteurs de transcription BARHL inhibent l’activité des TCFs et influencent les décisions de destinée cellulaire dans l’URL, probablement par des interactions avec les protéines TCF et HES.
Objectifs
Au cours de cette thèse, nous combinerons des approches de biologie du développement, de multi-omique et de bioinformatique chez l’embryon d’amphibien afin de :
1. Définir les profils transcriptomiques, les marqueurs conservés d’états cellulaires et les trajectoires d’expression génique au cours du développement précoce du cervelet chez l’amphibien par noyaux uniques RNA-seq (SN RNA-seq) et noyaux uniques ATAC-seq (SN ATAC-seq), puis comparer ces données à celles obtenues chez les mammifères (rongeurs, humain et organoïdes cérébelleux humains).
2. Déterminer comment une altération de l’activité des TCFs affecte la différenciation cellulaire et la progression des cellules au sein de l’URL et de la couche granulaire externe (EGL), notamment son rôle dans la spécification des destinées cellulaires, le remodelage de la chromatine et le maintien des progéniteurs.
Contexte :
La thèse sera réalisée sous la direction de B. C. Durand (ORCID : 0000-0002-0047-288X), chargée de recherche CNRS-HC, responsable d’une équipe travaillant sur l’embryologie, la signalisation et la régulation transcriptionnelle. Les travaux antérieurs de B. C. Durand ont joué un rô
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