Thèse de doctorat Développement et validation de codes de simulation accélérée multiéchelle pour l’imag

Sujet de thèse :
Le sujet de thèse a pour objectif de simuler les expériences d’imagerie par émission de fluorescence X, notamment pour des applications en biologie, de l’échelle de la cellule à celle du petit animal. Cette imagerie est quantitative : elle donne accès à la composition chimique avec une fine sensibilité. Cette information est déterminante, car la distribution des éléments chimiques inorganiques constitue un marqueur de nombreux mécanismes biologiques, qu’il est ainsi possible de mettre en évidence. Selon l’échelle étudiée (cellule, organe, petit animal), différentes sources de rayonnements (protons, rayons X) d’énergie adaptée sont utilisées. Toutefois, l’obtention d’images quantitatives précises demeure un défi majeur, en raison de la complexité des phénomènes physiques et des processus de reconstruction. Le·la doctorant·e aura pour mission de développer un jumeau numérique (au sens général du terme) dédié à la simulation de ces expériences, avec pour objectif final d’optimiser les dispositifs expérimentaux et les méthodes de reconstruction d’images tomographiques, tout en minimisant la durée d’acquisition et la dose déposée.
Contexte :
Le·la doctorant·e évoluera dans un environnement de recherche interdisciplinaire, à l’interface Physique/Biologie/Informatique. Il·elle bénéficiera d’un co-encadrement assuré par Claire MICHELET, physicienne, Professeure au LP2IB, de Pascal DESBARATS, informaticien, Professeur au LaBRI, et de Jean Michel LÉTANG, Maître de Conférences à CREATIS (Lyon). Le suivi de thèse sera organisé sous la forme de réunions hebdomadaires qui permettront d’orienter efficacement la progression.