Doctorant en écologie moléculaire (H/F)

Sujet de thèse :
Titre : Multi.Div – complémentarité des approches standards et ADNe pour l’étude de la biodiversité des rivières

(i) Contexte scientifique
La connaissance fine de la biodiversité des milieux aquatiques et zones humides est essentielle à la conservation, alors que ces écosystèmes comptent parmi les plus vulnérables au changement climatique et souffrent d'un déficit de suivi standardisé, notamment en zones transfrontalières. Le metabarcoding sur ADN environnemental (ADNe) a profondément transformé les méthodes d'inventaire depuis dix ans. Non invasif, il complète les méthodes classiques (comme le kick-sampling pour les macroinvertébrés) en détectant des taxons rares ou cryptiques, sans pour autant les remplacer : l'ADNe élargit le spectre de détection mais reste moins précis localement et en abondance. La fiabilité du metabarcoding dépend crucialement de bases de données de référence solides, construites à partir de spécimens bien identifiés par des experts. Un travail de ce type est mené en Grand-Est sur la flore régionale (marqueur ITS2), mais les invertébrés comme les Trichoptères restent sous-documentés. Chez les éphémeroptères-plécoptères- trichoptères (EPT), les larves sont souvent identifiables seulement au genre, contrairement aux imagos ; l'association larve-adulte par séquençage permet donc d'étendre la portée des bases de référence et de révéler la diversité cryptique. Enfin, la diversité génétique intraspécifique, dimension clé pour l'adaptation des populations au changement climatique reste peu explorée en ADNe, malgré quelques études pionnières prometteuses, particulièrement pour les invertébrés et plantes aquatiques.

(ii) Objectifs de l’étude
S'appuyant sur le cadre du projet Interreg MULTI.DIV, cette thèse combinera approches naturalistes traditionnelles et outils moléculaires innovants pour évaluer la diversité des invertébrés et plantes aquatiques des cours d'eau de la réserve de biosphère transfrontalière Pfälzerwald-Vosges du Nord, avec quatre objectifs complémentaires :
• Réaliser des inventaires de terrain des invertébrés aquatiques et des plantes aquatiques et riveraines, selon des méthodes d'échantillonnage traditionnelles standardisées (kick-sampling, transects), sur une trentaine de sites dans différents contextes, de zones anthropisées vers des zones en cœur de réserves.
• Participer au développement de bases de données de référence de codes-barres ADN pour les communautés d'invertébrés aquatiques, en ciblant prioritairement les EPT et, plus spécifiquement, les Trichoptères, groupe taxonomiquement complexe et insuffisamment représenté dans les bases publiques. La collecte privilégiera les imagos, identifiés morphologiquement à l'espèce puis séquencés pour les marqueurs classiquement utilisés en metabarcoding, afin de garantir la fiabilité des séquences déposées. Un volet d'association larve–adulte par séquençage permettra de rattacher à une identité spé
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