Doctorant en simulations biomoléculaires (H/F)

Sujet de thèse :
Les myosines sont des moteurs moléculaires impliqués dans plusieurs processus cellulaires critiques. Elles convertissent l’énergie libre issue de l’hydrolyse de l’ATP en travail mécanique sur les filaments d’actine, grâce à la communication allostérique entre le site actif et les sous-domaines producteurs de force. Dans les cellules musculaires, les myosines s’associent au sein de grands assemblages, les sarcomères, où elles jouent un rôle central dans la contraction musculaire. L’un des mécanismes de régulation fonctionnelle du sarcomère repose sur l’incorporation de différentes isoformes de myosine. En particulier, la myosine 18 émerge comme un régulateur clé de la myosine 2 musculaire, et est impliquée dans diverses pathologies. De manière surprenante, la myosine 18 a perdu sa capacité à hydrolyser l’ATP, et donc à fonctionner comme un moteur moléculaire. Par ailleurs, elle présente des extensions désordonnées uniques au sein de la superfamille des myosines. Nous proposons un projet de thèse visant à comprendre, à l’échelle atomique, comment les caractéristiques particulières de la myosine 18 lui permettent d’assurer son rôle régulateur, en utilisant des approches de modélisation et de simulation. Plusieurs méthodes computationnelles seront employées pour étudier les propriétés structurales et dynamiques de cette protéine, ainsi que ses interactions avec d’autres composants cellulaires. Les résultats obtenus seront confrontés aux données expérimentales disponibles, en collaboration avec nos partenaires.

Nous recherchons un candidat titulaire d’un Master 2 en biophysique computationnelle, bioinformatique structurale, ou dans un domaine connexe. Des connaissances en mécanique statistique et/ou en machine learning seraient un atout. Le candidat idéal fera preuve de curiosité scientifique, de motivation pour la recherche fondamentale, ainsi que d’une capacité à travailler en équipe dans un environnement interdisciplinaire. Nous encourageons vivement les candidatures de personnes issues de groupes sous-représentés ou défavorisés, conformément à notre engagement en faveur de la diversité et de l’inclusion. La durée du financement est de 3 ans, avec un démarrage prévu pour octobre 2026.
Contexte :
Le doctorant travaillera au sein de l’équipe Biophysique des Systèmes Complexes de l’Institut des Sciences Analytiques (ISA), situé à Villeurbanne sur le campus de l’Université Claude Bernard Lyon 1. L’ISA est un laboratoire de recherche en chimie analytique, biophysique, biochimie et modélisation moléculaire, qui développe des approches expérimentales et numériques pour l’étude des systèmes moléculaires complexes. Au sein de cet institut, l’équipe Biophysique des Systèmes Complexes s’intéresse à la caractérisation structurale et dynamique de protéines intrinsèquement désordonnées et multidomaines impliquées dans des processus biologiques majeurs, en combinant des approches de biophysiq
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