Ingénieur.e d’études en analyses chimiques, développement méthodologique et miniaturisation

L'équipe Meta est une équipe pluridisciplinaire (chimie analytique, biochimie, biologie moléculaire, physiologie, statistiques et bio-informatique) qui utilise des approches de Biologie Systémique pour comprendre le métabolisme et la manière dont il participe à la performance des plantes, que ce soit en termes de rendement ou d'adaptation aux stress abiotiques et biotiques. L'équipe génère de grands ensembles de données pour développer, paramétrer et valider des modèles prédictifs. Des modèles mathématiques ascendants (des mécanismes au phénotype) sont utilisés pour comprendre comment les flux et les concentrations de métabolites sont contrôlés. Les modèles descendants (du phénotype aux mécanismes) sont utilisés pour rechercher des marqueurs métaboliques associés à la performance, première étape vers l'identification des mécanismes sous-jacents. Si l'équipe s'est concentrée ces dernières années sur le métabolisme central, elle s'intéresse désormais également au métabolisme redox ainsi qu'au métabolisme secondaire, notamment en raison de leur implication dans l'adaptation à l'environnement. L'équipe Meta héberge également la plateforme Bordeaux Metabolome qui permet une large gamme de métabolomique ciblée et non ciblée.

• Votre mission 

Vous aurez 2 missions principales : 1) finaliser un programme de recherche EXPLOR'AE, principalement en effectuant des analyses GC-MS et 2) finaliser un programme de recherche ANR en réalisant des optimisations et des implémentations d’analyses métabolomiques LC-MS, notamment sur des matrices de sol. 

Le programme "recherche à risque" EXPLOR'AE, confié à INRAE par le Ministère de la Recherche et de l'enseignement supérieur, est financé par France 2030 à hauteur de 20 M€ pour la première phase.

Il vise à soutenir des recherches associant risque, rupture et impact, à accompagner les talents et les idées, à créer les conditions pour générer des ruptures conceptuelles ou technologiques et ainsi contribuer à répondre aux grands défis sociétaux et aux transitions associées (agroécologique, énergétique, numérique et de santé). Le projet EXPLOR'AE « dronesrenifleurs » commencé en septembre 2025 met en collaboration l'UMR BFP et la plateforme Bordeaux Metabolome pour leurs expertises en métabolomique, en microfluidique et en modélisation prédictive avec l'UMR ISPA pour son expertise en caractérisation de l’environnement, notamment via l’utilisation de drones. Il vise à extraire de l’information biologique à partir des volatilomes (ensemble des composés organiques volatils) de canopées. Les plantes émettent de nombreux composés organiques volatils (COV) pouvant interagir avec leurs pollinisateurs, prédateurs, pathogènes, microbiotes voire avec d’autres plantes.

En vue d’aboutir à une technologie adaptée à une étude du volatilome :

-               Vous participerez au développement d'une méthode inédite permettant de prélever les COV dans des conditions réalistes (vignoble, serre …) avec des drones.

-               Vous établirez une méthode de spectrométrie de masse (GC-MS) non-ciblée pour caractériser le contenu en COV. 

Les données produites seront utilisées pour construire des modèles capables de prédire des évènements (une attaque de pathogène, un stade phénologique …).

L’équipe Meta est partenaire du projet ANR « MicroHelp », débuté en janvier 2026, qui étudie le concept de Cry for Help, selon lequel les plantes recrutent un microbiome bénéfique en réponse à un stress via la modulation de leurs métabolites racinaires. Dans ce cadre, les missions proposées pour un poste d’ingénieur seront principalement axées sur le développement et la mise en œuvre d’analyses LC-MS de métabolites primaires et secondaires sur des matrices végétales (racines, exsudats) et des échantillons de sols/rhizosphère. Les activités comprendront la préparation des échantillons, l’optimisation des méthodes analytiques, l’acquisition et le traitement des données, ainsi que l’annotation des composés en appui aux analyses multi-omiques du projet. Ces travaux contribueront à identifier les métabolites impliqués dans le recrutement du microbiome et à mieux comprendre les mécanismes de résistance des plantes aux pathogènes.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

1. Participer au développement d'un système d’échantillonnage de COV portatif.
2. Finaliser une méthode de GC-MS pour la détection des COV. 
3. Développer et mettre en œuvre des analyses LC-MS de métabolites sur des matrices végétales de sols/rhizosphère.
4. Effectuer des prélèvements de volatils (canopée de vigne, tomate en serre).
5. Participer à l’intégration du dispositif de détection des COV sur drone.