Thèse bioinformatique H/F

Sujet de thèse :
En tant qu'hôpital de référence en France, nous avons pu constituer une cohorte de plus de 200 tumeurs que nous avons caractérisées en termes d'expression des ARN, de la méthylation, de séquençage du génome entier, de polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) et de données spatiales. Ce cancer est une maladie rare qui n’a pas encore fait l’objet de publications, et nous pensons que ces données apporteront une contribution majeure à la compréhension de la maladie et au suivi clinique. Les premiers résultats montrent que nous identifions des sous-groupes jusqu’alors inconnus dans la pathologie, qui permettent de prédire les perspectives cliniques des patients, y compris leur survie. Le candidat pourra compléter ces études en intégrant des ensembles de données et en déterminant la réponse aux traitements

Le candidat devra justifier d'une expérience dans l'analyse de données omiques et travaillera au sein même de l'équipe de recherche, en étroite collaboration avec des biologistes et des médecins. Il devra être titulaire d'un diplôme en bio-informatique ou en biologie, et posséder de solides compétences en bio-informatique et en analyse de données. Le candidat doit être capable de travailler dans un environnement Unix, avec le logiciel R et, idéalement, être familiarisé avec un autre langage de script tel que Bash ou Python. Une expérience préalable dans l'analyse de données de séquençage à haut débit (RNAseq, séquençage d'exomes/génomes) serait très appréciée. Une expérience dans l'analyse de données unicellulaires ou spatiales serait également utile.
Le candidat retenu devra également posséder de solides compétences en communication pour présenter les résultats aux partenaires de recherche, par le biais de rapports scientifiques ou de séminaires. Le candidat bénéficiera de l'expertise technique de la plateforme de bio-informatique et des collaborations. Nous pensons que ce projet innovant débouchera sur de très bonnes opportunités de publication. La durée du contrat est de 3 ans (date de début négociable, de préférence le 1er octobre 2026). Le financement a été obtenu auprès du CNRS.
Contexte :
Les travaux de thèse seront réalisés au sein du Centre de Cancérologie de Lyon (CRCL, UMR CNRS 5286, Inserm U1052, UCBL, CLB) et visent à comprendre la résistance aux traitements dans les tumeurs neuroendocrines intestinales.
Le projet de thèse s'intègre à l'une des thématiques de l'équipe de Benjamin Gibert et Thomas Walter intitulée "Gastroentérologie et technologies pour la santé"
Le candidat (Homme/femme) devra être titulaire d'un master 2 ou d'un diplôme d'ingénieur.
Le sujet comprendra des expériences de bio-informatique et une intégration avec les données biologiques et médicales.