Doctorant(e) en microbiologie

Référence : 2026-2402251

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Institut Agro
    L'institut Agro
  • Localisation : 26 rue du Docteur Petitjean 21000 DIJON
Domaine : Recherche
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Date limite de candidature : 26/09/2026

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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat

    CDD de 3 ans
  • Expérience souhaitée Confirmé
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non
  • Télétravail possible Oui

Vos missions en quelques mots

Votre mission :

  • Ce projet s’intéresse à l’adaptation de Oenococcus oeni aux changements de son environnement dans un contexte de réchauffement climatique. Cette bactérie lactique garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de O. oeni est directement impactée par la hausse des températures qui accélère la maturité des raisins, ce qui augmente le taux de sucre des moûts et le degré alcoolique des vins. Ce projet veut répondre aux enjeux de durabilité et d'adaptation des filières agroalimentaires face au changement climatique en sécurisant un procédé de transformation clé pour la filière vitivinicole française par l’apport de connaissances et de ferments « climato-résilients ». L’objectif est d’identifier les mécanismes moléculaires en lien avec la tolérance de O. oeni à la présence d’éthanol. Pour cela une expérience d’évolution adaptative sera mise en œuvre afin de forcer la tolérance de cette bactérie lactique à l’éthanol et de comprendre les mécanismes moléculaires de l’acquisition de cette tolérance. L’hypothèse étant que les mutations fixées rendent compte de modifications structurales et/ou métaboliques essentielles permettant une meilleure tolérance de O. oeni à l’éthanol. Les données de génomique comparative permettront d’orienter la caractérisation phénotypique des populations évoluées. L’analyse global du profil métabolique en condition œnologique permettra également de mettre en évidence une possible réorientation des flux permettant à la cellule de faire face au stress éthanol tout en maintenant l’homéostasie cellulaire. La membrane cytoplasmique étant une des premières barrières de la cellule avec son environnement, la composition lipidique membranaire sera particulièrement considérée.

Profil recherché

Agent contractuel de catégorie A

CDD de 36 mois  à pourvoir à compter du 01/10/2026

Temps de travail 100%

Salaire mensuel brut :  2 300 €

Vos missions:

  • BLOC 1  : Comparaison génomique des populations évoluées versus souches ancestrales afin de localiser les mutations fixées conférant une meilleure tolérance des populations à l’éthanol (Didier Hocquet, Chrono-environnement).

  • BLOC 2  : Performance fermentaire et métabolome post-évolution. 

  • BLOC 3 : Métabolome post-évolution. La comparaison de l’empreinte métabolique (endo & exo-métabolome) en fin de FML entre les fermentations conduites par les populations évoluées et les souches ancestrales permettra de déterminer l’impact du procédé d’évolution sur le profil des métabolites du vin et la réorientation des flux (analyse par ultra haute résolution masse spectrométrie, collaboration Philippe Schmitt-Kopplin, TUM, Allemagne).

  • BLOC 4  : Analyse de la composition lipidique membranaire (collaboration Florence Dubois-Brissonnet, SayFood, AgroParis Tech, INRAé).
  • BLOC 5 : Transcriptomique. Une analyse transcriptomique sera mise en œuvre pour rendre compte de l’impact des mutations acquises au cours l’évolution sur l’expression globale du génome (collaboration Ramon Gonzales & Maria de Toro Hernando, ICVV, Espagne

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents

Localisation

Localisation : 26 bd docteur petitjean 21000 Dijon

Éléments de candidature

Documents à transmettre

Pour postuler à cette offre, l'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire

Qui sommes-nous ?

L’Institut Agro est un établissement d’enseignement supérieur et de recherche dans les champs de l’alimentation, de l’agriculture, de l’environnement et du paysage, qui mène ses activités en lien étroit avec les organismes de recherche, les universités, les autres grandes écoles et les acteurs du monde socio-économique (public et privé), en France et dans le monde.

Il regroupe 3 écoles : l’Institut Agro Dijon, l’Institut Agro Montpellier et l’Institut Agro Rennes-Angers.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Dépôt des candidatures par messagerie uniquement à :

    recrutement@agrosupdijon.fr

    - CV nommé : NOM_Prénom_CV

    - lettre de motivation nommée : NOM_Prénom_LM

     IMPORTANT : noter la référence du poste CSP 2026-2402251 sur votre lettre de motivation

  • Vacant à partir du 01/10/2026

  • Chercheuse / Chercheur

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