ingenieur bioinformatique F/H

MISSIONS GÉNÉRALES :
-Assure sous la responsabilité du Directeur médical du DMU Biologie et du responsable de la plateforme GenoBioMICS, la réalisation des analyses bioinformatiques.
- Assure l’évaluation, le déploiement et le maintien des logiciels d’analyses relatifs au séquençage à haut débit.
- Assure le système qualité de la partie bioinformatique de la plateforme en lien avec les autres bioinformaticiens selon les exigences des normes relatives à l’accréditation des laboratoires (ISO 15189- ISO 17025)
MISSIONS PERMANENTES : 
- Lien avec l’équipe bioinfo sur le cgMLST pour la comparaison de souches bactériennes, notamment en collaboration avec l’Equipe Opérationnelle d’Hygiène
- Développement et mise en production des analyses des facteurs de résistances et de virulence des souches d’Helicobacter pylori
- Développement et mise en production des analyses de génotypage et caractérisation des souches de Mycobacterium tuberculosis
- Développement et mise en production des analyses permettant la caractérisation des résistances (base de données CARD par exemple)
- Développement de la comparaison de plasmides séquencés par technique «long-reads» (Oxford Nanopore), notamment en collaboration avec l’Equipe Opérationnelle d’Hygiène
- Développement des progiciels et programmation nécessaires à l'exploitation des données biologiques et médicales, conformément aux recommandations des sociétés savantes, et aux procédures internes de la plateforme
- Paramétrage des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d'activité
-  Assure le traitement et analyse des données de séquençage selon l’organisation prévue sur la plateforme
- Veiller au maintien des outils bio-informatiques lors des pannes pouvant survenir.
- Formation de personnes aux techniques et procédures de son domaine, et à leur application
- Contribuer au fonctionnement de l’équipe Bioinformatique de la PF
MISSIONS SPÉCIFIQUES :
- Encadre ou accompagne des étudiants sur ses thématiques
- Participe à des congrès concernant son domaine d’activité
- Evalue la faisabilité des projets avec l’équipe médicale et paramédicale
- Participe aux études et aux travaux dans son domaine de recherche
- Participe à la diffusion et valorisation des résultats (rapports, publications, communications)
- Réécriture / optimisation de pipelines d’analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation
- Développement d’outils spécifiques en vue de l’amélioration de la compréhension de l’épidémiologie des bactéries (génotypage, résistance, virulence…) avec recherche bibliographique, évaluation d’outils publiés, mise en place d’approches originales