PhD Position (H/F) – Single-Molecule Imaging of Viral RNA During Arbovirus Infection

Sujet de thèse :
Décrypter la dynamique de traduction et de réplication des ARN viraux in vivo à l’échelle de la molécule unique

Les virus transmis par les arthropodes (arbovirus), tels que le virus Zika (ZIKV), le virus Chikungunya (CHIKV) et le virus Sindbis (SINV), représentent une menace croissante pour la santé publique mondiale en raison de leur expansion géographique rapide et de la récurrence de leurs épidémies. Malgré des avancées majeures dans la recherche sur les arbovirus, les mécanismes moléculaires qui régulent l’expression des gènes viraux au cours de l’infection restent encore mal compris. En particulier, la manière dont les ARN viraux coordonnent de façon dynamique la traduction et la réplication dans les cellules vivantes, ainsi que le rôle des éléments cis régulateurs de l’ARN viral dans le contrôle de ces processus, demeure largement inexplorée.

Ce projet de thèse vise à décrypter les mécanismes moléculaires qui gouvernent l’expression des ARN des arbovirus in vivo en combinant virologie moléculaire, biologie quantitative et imagerie de pointe à la molécule unique. L’un des objectifs majeurs est de déterminer comment les régions non traduites (UTR) hautement structurées situées aux extrémités 5′ et 3′ orchestrent la transition entre la traduction et la réplication, régulant ainsi la fitness virale et l’adaptation à l’hôte.

Le projet sera mené au sein de l’équipe MDVA sous la codirection du Dr Jérémy Dufourt (dynamique des ARN et imagerie à la molécule unique) et du Dr Jim Zoladek (biologie des flavivirus et stabilité des ARN). La personne recrutée développera une expertise interdisciplinaire couvrant la biologie moléculaire, la génétique, la biochimie, la microscopie sur cellules vivantes et l’analyse quantitative d’images.

Le premier objectif consistera à développer des systèmes rapporteurs quantitatifs permettant de visualiser directement la traduction des ARN viraux à la résolution de la molécule unique. À l’aide de constructions d’ARN viraux modifiées portant des rapporteurs de traduction, la personne recrutée étudiera comment les UTR virales régulent l’efficacité de la traduction, les cinétiques d’initiation et d’élongation, ainsi que l’organisation spatiale de la synthèse protéique dans des cellules vivantes et des embryons de poisson-zèbre. Ces expériences permettront de comprendre comment la séquence et les éléments structuraux des ARN déterminent l’activité traductionnelle dans leur contexte physiologique.

Le deuxième objectif sera de générer des arbovirus recombinants fluorescents (ZIKV, CHIKV et SINV) permettant de visualiser simultanément les génomes viraux, leur traduction et leur réplication. En combinant des stratégies de marquage des ARN avec des rapporteurs fluorescents de traduction, le projet permettra d’observer en temps réel la transition entre les phases de traduction et de réplication au cours de l’infection. Ces approches fourniront, pour la premiè
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